操作手順は以下になります。
二人のうち片方が「勝ち抜き戦」->「通信協力」->「募集する」を選ぶ
その後もう片方が「勝ち抜き戦」->「通信協力」->「応募する」を選ぶ

ただし上記の操作の前(プログラム起動前)に設定が必要になります。

[募集する側の設定]
募集する側は通信に利用するポート番号を設定ファイルに記述します。
たとえばポート30000を使うなら以下の行を設定ファイルに追加してください。

port 30000

加えて、応募側の人に何らかの手段で以下の情報をお知らせください。

設定したポート番号
ご自分のPCのIPアドレス

[設定ファイルの変更]
設定ファイルの場所は以下のとおりです。
windows: %APPDATA%/vs.cfg
linux: ~/.vs.conf

windowsにおいては設定ファイルをメモ帳で開くbatファイルを
用意しましたのでご活用ください。

[応募する側の設定]
応募する側は以下の情報を設定ファイルに記述します。
募集する側から教えてもらいましょう。

ポート番号
募集する側のPCのIPアドレス

例えば、ポート番号=30000、IPアドレス=200.100.50.25なら以下の二行を
設定ファイルに追加します。

port 30000
address 200.100.50.25

[設定が終わったら]
前述の手順でプレイを開始してください。